GeneMarker

* 自动标记电泳图上的相关区域，方便临床医生确定MSI的位置

* 提供丰富的设置参数，供户实现自定义的stutter峰过滤，有效峰的侦测等分析环节。

2.基于多重连接探针扩增技术的分析（MLPA Analysis）

MLPA是一种可在一次反应之内同时定量测定多达45个核酸序列的简便方法。根据扩增峰的改变情况，MLPA可以很方便的判断靶序列是否有拷贝数的异常或点突变存在。

GeneMarker的MLPA应用分析工具能够为研究人员提供以下便捷：

* 所有样本数据的整合显示和分析

* 样本数据的标准化处理

* 各种形式报表输出

GeneMarker的MLPA分析工具可兼容国际上多种电泳设备的输出数据，包括ABI格式的数据文件、 MagaBase的文件、SpectruMedix文件等，并支持分析Slab Gel Output数据的导入。

3.种系发生学聚类分析 ( Phylogeny Clustering Analysis )

聚类分析在生物学方面的应用主要包括以下两个方面

* 基于生态学的应用：系统发育学分析，种群比对分析

* 基于生物信息学的应用：基因型表达分析，酶通路映射，族系基因分类

GeneMarker将聚类结果通过系统树图的形式展现出来，并且提供每两点之间的欧拉距离。GeneMarker为研究人员能提供了以下3种不同的连锁聚类方式：

1：单独连锁

2：完整连锁

3：平均连锁

聚类分析现已成功的和AFLP， MSI和RAPD应用有机的结合了起来，应用于多种实验分析领域。

4.工程混合应用（Merge Project）

“Merge Project”工具允许研究人员方便的合并两个或多个GeneMarker生成的工程文件(每个工程文件使用的panel包括一个独立的基因座数据集)，并将合并后的结果显示在一个独立的综合性的报表中。这种类型的报表针对每个样本分别提供了完整的基因分型。

通过“Merge Project”工具合并之后的报表能够以全基因组基因报表的形式进行导出。这种导出的报表能够方便的导入到其他GeneMarker的定制应用中进行二次分析，例如聚类分析 (Clustering Analysis), 关系型测试应用分析，或亲缘分析。这种报表类型数据的导入，能够使得以上所述的多种分析应用程序在分析时包含大数量集的基因座信息，从而提高分析结果的可靠性。

5.杂合缺失分析 (LOH: Loss of Heterozygosity)

杂合缺失分析工具主要帮助研究者和临床医生在癌细胞中探测LOH。利用鉴别等位基因的专利算法，GeneMarker采用 “the germ line reference trace” 在病人样本中比对和探测LOH现象。

在进行杂合缺失分析时，GeneMarker将病人的峰图与参考模板的峰图进行对比，通过得到电泳图和比率曲线，根据其中峰的强度和面积对LOH进行确认和分析。

6.单倍体分析（Haplotype Analysis）

GeneMarker的单倍体分析工具主要应用于遗传疾病和坯胎植入技术研究领域中的家族DNA片段数据分析。它为相关领域研究人员提供了以下三大功能：

* 根据等位基因的信息推算出每个被分析个体的完整基因图谱

* 自动绘制家系图谱

* 自动推断最可能的子孙后代与其先辈的亲缘关系结构

7.单核苷酸多态性分析 (SNPlex/SNaPshot)

单核苷酸多态性(SNP) 通常是指人类基因组中特定部位的单个碱基序列的变异，它是法医实践中个体识别和亲子鉴定的重要分析方法之一。

GeneMarker的SNPlex/SNaPshot模块支持分析包括SNPWav，SNPlex等分析方法所产生的数据,并且为相关领域分析人员了提供快速，准确，高效的人机交互界面和相关应用分析工具。

8.峰图比对分析 (Trace Comparison)

峰图比对分析的应用于通过扩增片段长度多态性 (AFLP) 方法得到的数据。

AFLP技术是一项新的基于PCR(聚合酶链反应)的分子标记技术。它结合了RFLP和PCR技术特点，具有RFLP技术的可靠性和PCR技术的高效性。

GeneMarker的峰图比对分析工具可以通过分析相关的AFLP数据，鉴定相近物种之间的碱基长度多态性，并且以直方图的形式将计算结果直观的体现给相关领域分析人员。

9.基于甲基特异性分析--多重连接探针扩增的分析 (MS-MLPA)

基于甲基特异性分析--多重连接探针扩增的分析目前主要用于检测包括癌症在内的多种疾病中的遗传基因的缺失和复制。

GeneMarker的MS-MLPA分析工具为相关领域分析人员在研究汇海子甲基化和基因组印迹方面的疾病时提供了极大的便捷，它的主要特点体现在以下三个方面：

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